中小企業向け勤怠管理システム徹底比較2026

本コラムのポイント3つ

1. クラウド型・オンプレ型の違いを解説

2. 失敗しない選び方と導入ポイントを紹介

3. 中小企業向けおすすめ勤怠管理システムを比較

勤怠管理システムの徹底比較！種類と選び方

出典：わかりやすく解説｜勤怠管理システムとは？

中小企業や小規模事業者にとって、従業員の

• 出退勤

• 労働時間

を正確に管理することは、業務効率化だけでなく、

• 法令遵守

• 働き方改革

への対応にも不可欠です。

出典：働き方改革とは？全体像や具体的な変更点

特に最近は、

• テレワーク

• フレックスタイム

の導入など、勤務形態が多様化しており、従来の

• 紙

• Excel

での管理では対応が難しくなっています。

そこで注目されているのが勤怠管理システムです。ここでは、勤怠管理システムの

• 種類

• 特徴

• 選び方

を徹底比較し、導入時に役立つポイントを解説します。

出典：中小企業とは？中堅大企業との違い・人数や資本金

【あわせて読みたい！】勤怠管理システムランキング2026年版！比較と選び方ガイド

勤怠管理システムとは何？

勤怠管理システムとは、従業員の

• 休暇

• 有給

• 残業時間

• 出勤・退勤時間

の管理を一元化してくれる、

• ソフトウェア

• クラウドサービス

のことです。これまで手作業で行っていた

• 打刻

• 勤怠集計

を自動化できるため、管理者の負担を大幅に軽減できます。

また、正確な労働時間の記録が残ることで、

• 労働基準法

• 働き方改革

関連法規の遵守にも役立ちます。

出典：労働基準法とは？法律の内容、ルールについてわかりやすく解説

近年では、

• スマホ

• タブレット

での打刻や、

• テレワーク対応

• AIによるシフト作成支援

など、機能も多様化しています。そのため、

• 導入目的

• 勤務形態

• 従業員規模

に応じて適切なシステムを選んでください。

勤怠管理システムの種類には何がある？

出典：クラウド型データベースとは｜6つのメリット

【あわせて読みたい！】勤怠管理システム導入で使える補助金完全ガイド

中小企業向け勤怠管理システム比較一覧【2026年版】

勤怠管理システムおすすめランキング

1位 KING OF TIME

■特徴

KING OF TIMEは、

• シフト管理

• 有給管理

• 残業管理

• 出退勤管理

などを一元管理できる国内でも人気の高い勤怠管理システムです。

• PC

• スマホ

• ICカード

など多様な打刻方法に対応しており、中小企業から大企業まで幅広く導入されています。

■メリット

• 法改正への対応が早い

• 機能が豊富で拡張性が高い

• テレワークやシフト勤務にも対応可能

• ICカード・指紋認証・スマホなど打刻方法が多い

■デメリット

• 機能が多いため導入初期は設定に時間がかかる

• シンプルな勤怠管理だけを求める企業にはオーバースペックになる場合がある

■向いている企業

• 従業員数が20名以上の企業

• 勤怠管理を本格的に効率化したい企業

• 将来的な事業拡大を見据えている企業

2位 ジョブカン

■特徴

ジョブカン勤怠管理は、低コストで導入しやすいクラウド型勤怠管理システムです。

操作画面がわかりやすく、初めてシステムを導入する中小企業にも人気があります。

■メリット

• 導入までの期間が短い

• 初めてでも操作しやすい

• 月額料金が比較的安い

• スマホ打刻やシフト管理に対応

■デメリット

• 高度なカスタマイズには向いていない

• 大企業向けの複雑な運用には物足りない場合がある

■向いている企業

• コストを抑えたい企業

• 従業員数50名以下の中小企業

• 初めて勤怠管理システムを導入する企業

3位 freee勤怠管理Plus

■特徴

freee勤怠管理Plusは、

• freee会計

• freee人事労務

との連携に優れた勤怠管理システムです。

バックオフィス業務をまとめて効率化したい企業に適しています。

■メリット

• クラウド上で簡単に運用できる

• テレワーク環境との相性が良い

• freee会計との連携がスムーズ

• 給与計算業務を効率化できる

■デメリット

• 他社サービスとの連携は限定的な場合がある

• freeeを利用していない企業ではメリットが小さい

■向いている企業

• freee会計を利用している企業

• 経理業務を効率化したい企業

• バックオフィス業務を一元管理したい企業

4位 マネーフォワード勤怠

■特徴

マネーフォワード勤怠は、マネーフォワードクラウドシリーズとの連携が強みの勤怠管理システムです。

勤怠管理から給与計算、会計処理まで一元管理できます。

■メリット

• スマホから簡単に打刻できる

• 給与計算業務を効率化できる

• バックオフィス全体を効率化できる

• マネーフォワードクラウドとの連携が強力

■デメリット

• 一部機能は上位プラン契約が必要になる

• マネーフォワードを利用していない企業ではメリットが少ない

■向いている企業

• クラウド管理を推進したい企業

• マネーフォワード会計を利用している企業

• 経理・人事業務をまとめて効率化したい企業

従業員20人以下ならクラウド型が主流

中小企業では、初期費用を抑えやすく、テレワークにも対応しやすいクラウド型勤怠管理システムが主流です。

特に、

• スマホ打刻

• シフト管理

• 有給自動計算

• 給与ソフト連携

を重視する企業が増えています。

出典：クラウド型勤怠管理システム「AKASHI」

また、デジタル化関連補助金の対象になるケースもあり、導入コストを抑えやすい点もメリットです。

クラウド型とオンプレミス型の違い

出典：テレワーク・在宅勤務・時差出勤の勤怠管理

参考：事前対策（セキュリティ事故を未然に防ぐためには）

みんなの補助金コンシェルジュでは、ものづくり補助金の専門家経費についてもサポートしています！

「専門家に申請書作成を依頼したい」「経費計上できる範囲を確認したい」などのご相談は、ぜひお気軽にどうぞ。

お申し込みは以下のフォームから可能です。

【無料】勤怠管理システム補助金相談はこちら！

勤怠管理システムの選び方はどうする？

出典：勤怠管理システム導入の失敗事例から学ぶ！

勤怠管理システムを選ぶ際は、次のポイントを押さえておくと失敗が減ります。

導入目的を明確にする

• 残業や有給管理など、どの業務を効率化したいのかを整理する

• 法令順守や働き方改革対応が最優先か、業務効率化が最優先かで選択肢が変わる

【失敗例】

とりあえず有名だからという理由だけで高機能なシステムを導入した結果、自社ではほとんど機能を使わず、毎月高額な利用料だけを支払っているケースがあります。まずは

• 残業管理

• 有給管理

など、自社が解決したい課題を明確にしましょう。

従業員数や勤務形態を考慮する

• 従業員数が少ない場合はクラウド型がおすすめ

• 複数拠点や特殊な勤務形態（交代制、テレワーク併用）ならオンプレ型を検討

出典：オンプレミスとは」をクラウドとの比較

【失敗例】

従業員10名程度の企業が大企業向けのオンプレミス型システムを導入した結果、

• 導入費用

• 保守費用

が想定以上にかかり、費用対効果が合わなかった事例があります。

企業規模に適したシステムを選ぶことが大切です。

必要な機能を確認する

• アラート機能

• レポート機能

• シフト作成機能

• 出退勤管理機能

• 残業・休暇管理機能

など、将来的な機能拡張や他システム連携も視野に入れましょう。

【失敗例】

シフト管理が必要な業種にもかかわらず、出退勤管理のみのシステムを導入してしまい、結局別のシステムを追加契約することになったケースがあります。

導入前に必要機能を洗い出しましょう。

コストと補助金の活用

• 初期費用、月額費用、保守費用を合計で計算する

• デジタル化・AI導入補助金など、中小企業向けの補助金を活用できるか確認する

【失敗例】

補助金が使えると思い込んで契約したものの、対象外経費だったため補助を受けられず、想定以上の自己負担が発生したケースがあります。

事前確認が大切です。

セキュリティ対策

出典：サイバーセキュリティ対策をはじめたい・支援策

• クラウド型→データ暗号化やアクセス制御を確認する

• オンプレ型→社内サーバーのバックアップやウイルス対策を確認する

参考：サイバーセキュリティ対策をはじめたい・支援策を知りたい

勤怠管理システム導入のメリットは？

勤怠管理システム導入のメリットは単なる出退勤管理だけでなく、

• 経営

• 従業員満足度

にも影響してきます。

• 業務効率化

• エクセル管理

• 手作業での集計

から解放され、管理者の負担を軽減します。

法令順守

正確な勤怠データで

• 36協定

• 労働基準法

に対応できます。

出典：36協定とは？締結後の残業時間や違反への罰則

残業・有給が可視化される

従業員の働きすぎを防ぎ、健康管理に貢献します。

データ分析ができる

• 月次報告

• 経営判断

に活用可能です。また、補助金を活用すれば初期導入費用の負担を軽減でき、導入リスクを下げることができます。

出典：月間業務報告書 | 電子稟議に強いワークフロー

勤怠管理システムのデメリット

• 社員教育が必要

• 導入費用がかかる

• 運用ルール整備が必要

みんなの補助金コンシェルジュでは、ものづくり補助金の専門家経費についてもサポートしています！

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お申し込みは以下のフォームから可能です。

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中小企業に勤怠管理システムが必要なのはなぜ？

出典：【2026年】中小企業向け勤怠管理システムおすすめ

中小企業が勤怠管理システムを導入する理由は主に3つです。

1. 法令遵守

2. 業務効率化

3. 人件費削減

近年、中小企業でも勤怠管理システムの導入が進んでいます。その背景には、

• 働き方改革

• 法令遵守の重要性

• 業務効率化のニーズ

があります。従来の紙やExcelでの勤怠管理では、従業員数が増えるほど、

• ミス

• 管理者の負担

が増大し、労務トラブルのリスクも高まるでしょう。

ここでは、中小企業が勤怠管理システムを導入すべき具体的な理由を詳しく解説します。

従業員の出退勤管理、残業管理、シフト調整を効率化

出典：勤怠管理とは？就業管理との違いを分かりやすく解説

中小企業では限られた人員で複数の業務を担当していることが多く、

• 出退勤

• シフト調整

• 残業の管理

に多くの時間を割かれているものです。

勤怠管理システムを導入すると、次のような効率化が可能です。

出退勤の自動記録

• タイムカード

• スマホアプリ

で打刻することで、

• 手入力

• 紙管理

の手間が不要になるでしょう。

残業時間や休暇の自動集計をしてもらえる

• 有給消化状況

• 毎月の残業時間

をシステムが自動で集計し、

• 給与計算

• 月次報告

に反映可能です。

シフト作成を効率化できる

• シフトパターン

• 従業員の希望休

を反映しながら自動作成でき、急な

• 欠勤

• 勤務変更

にも柔軟に対応できます。これにより、管理者は手作業での

• 集計

• 修正

に時間を取られず、

• 経営判断

• 本来の業務

に集中できます。

労務管理の法令順守や働き方改革に対応できる

出典：労務管理とは？具体的な業務内容や課題

中小企業でも、

• 働き方改革関連法の対応

• 労働基準法や36協定の遵守

は義務です。しかし、紙やExcelでの管理では、

• 残業時間の超過

• 休暇未取得の状況

を正確に把握することが難しく、法令違反のリスクが出てきます。

勤怠管理システムを導入すると、次のような法令順守の支援が可能です。

残業上限を自動チェックできる

従業員ごとの残業時間をリアルタイムで管理し、上限を超えそうな場合にアラートを通知します。

有給取得状況の可視化

有給休暇の

• 残日数

• 取得日数

を自動で集計でき、法定の年5日以上の取得義務にも対応可能です。

36協定や労働時間管理の記録保持

出典：36協定とは？ 残業時間の上限や特別条項

労働基準監督署への提出や、社内監査に必要な勤怠データを正確に保存できます。特に、

• テレワーク

• フレックスタイム

といった制度を導入している中小企業では、従業員がオフィス以外で働く場合の労働時間管理が課題です。

クラウド型勤怠管理システムを使えば、どこからでも勤務状況を確認でき、法令順守を徹底できるでしょう。

人的ミスの削減と管理者負担が軽減する

従来の紙やExcelでの勤怠管理は人的ミスが起こりやすく、管理者の負担も大きくなります。

例）

• 計算ミス

• 打刻漏れ

• シフト間違い

これらのミスは、給与計算や労務トラブルの原因となり、企業にとって大きなリスクです。

勤怠管理システムを活用すると、次の効果が期待できます。

自動集計で計算ミスを防げる

• 勤務時間

• 残業時間

を自動計算するため、給与計算のミスを大幅に削減可能です。

打刻漏れや不正打刻の防止

• ICカード

• スマホアプリ

で打刻を行うことで、手入力による漏れや不正を防げます。

管理者の負担が軽減

• 修正作業

• 勤怠データの確認

が簡略化され、管理者は

• 経営判断

• 従業員対応

に時間を割けます。結果として勤怠管理の精度が向上し、従業員とのトラブルも減少するでしょう。

また、管理者の業務効率化は、企業全体の生産性向上にも直結します。

中小企業での勤怠管理システム導入のポイント

中小企業が勤怠管理システムを導入する際は、次のポイントに注意すると失敗を防げます。

従業員数や勤務形態に合ったシステムを選ぶ

• 従業員数が少なく、テレワークが多い場合はクラウド型がおすすめ

• 複数拠点や特殊シフトがある場合はオンプレ型やカスタマイズ対応型が有効

必要な機能を明確にする

• 残業集計

• 休暇管理

• 給与連携

• シフト作成

• 出退勤管理

など、自社の業務フローに必要な機能を優先しましょう。

補助金を活用する

デジタル化・AI導入補助金など中小企業向け補助金を活用すれば、初期費用を抑えながら導入可能です。

中小企業が勤怠管理システムで重視すべき機能と補助金活用法

中小企業が効率的な労務管理を行うためには、勤怠管理システムの導入が重要です。しかし、

• どの機能を重視すべきか

• 導入コストをどう抑えるか

悩む企業も多いでしょう。ここでは、

• 中小企業が特に注目すべき勤怠管理機能

• 補助金を活用して導入費用を抑える方法

を詳しく解説します。

出退勤管理～多様な打刻方式に対応

従業員の出退勤を正確に管理することは、勤怠管理システムの基本です。

特に中小企業では、従業員の勤務形態が多様化しており、柔軟な打刻方法に対応することが求められます。

ICカード打刻

出典：日々の打刻をICカードで便利に！低コストのメリットや導入手順もご紹介

• 社員証

• 交通系ICカード

で打刻でき、オフィスの出入り時に自動で記録されます。

スマホ打刻

テレワークや外出の多い職場でも、スマホアプリで打刻可能。

GPS機能で場所も確認できます。

指紋認証

打刻の

• 不正防止

• セキュリティ向上

に有効です。これにより、紙やExcel管理に比べ、

• 打刻漏れ

• 不正打刻

のリスクを大幅に減らせるでしょう。

残業・労働時間管理～アラート機能で未承認残業を防止

働き方改革の進展に伴い、残業時間の適正管理は企業の義務となっています。勤怠管理システムには、

• 残業時間

• 労働時間

の自動集計だけでなく、アラート機能があると便利です。

残業アラート

出典：アラート通知について

設定した上限時間を超えると管理者や従業員に通知され、

• 過剰労働

• 未承認残業

を防げます。

休憩・勤務時間チェック

• 休憩時間

• 法定労働時間

の記録を自動チェックし、違反があれば報告される仕組みです。

これにより、法令順守はもちろん、従業員の健康管理にもつながるでしょう。

シフト管理～希望休・休暇申請の反映

シフト勤務がある企業では、従業員の

• 希望休

• 有給申請

をシステムに反映できることが求められます。

希望休反映

従業員の休日希望をもとに自動でシフトを作成可能。

手作業による調整ミスを防ぎます。

急な欠勤やシフト変更への対応

• 欠勤

• 勤務変更

が発生した場合でも、システム上で簡単に修正できます。

シフト作成の自動化によって管理者の負担が軽減し、従業員満足度向上にも寄与するでしょう。

休暇・有給管理～法令順守と従業員満足度向上

• 有給休暇

• 特別休暇

の管理は、

• 労務リスク

• 従業員の満足度

に直結するものです。

勤怠管理システムを活用すれば、法定義務を簡単に管理できます。

有給残日数の自動計算

• 取得日数

• 年次有給休暇の残日数

を自動で集計。法定の年5日以上取得義務に対応可能です。

休暇申請のワークフロー管理

出典：休暇申請ワークフローとは

申請から承認までをシステムで管理でき、

• 承認漏れ

• 二重承認

を防止できます。

従業員への可視化

• 残日数

• 取得状況

を従業員自身が確認でき、取得計画も立てやすくなるでしょう。

レポート・分析機能～月次報告や経営判断に活用

勤怠管理データは単なる出退勤記録に留まらず、経営判断の材料として活用可能です。

月次レポート自動生成

出典：ビルコム、PR効果測定ツール「PR Analyzer」

• 勤務時間

• 残業時間

• 有給消化状況

などを自動で集計し、

• 管理者

• 経営者

に提供します。

たとえば、部署ごとの残業時間や有給取得率を自動で集計できるため、管理者は手作業で資料を作成する必要がありません。

人件費分析

部門ごとの、

• 残業費用

• 稼働状況

を把握でき、

• コスト管理

• 業務改善

に活用可能です。たとえば、特定部署だけ残業代が突出していることを把握できれば、

• 人員配置

• 業務分担

の見直しにつなげられます。

経営判断のサポート

データに基づき、

• 人員配置

• シフト見直し

などの意思決定が迅速に行えます。たとえば、繁忙期に残業が集中する傾向を分析し、

• パート採用

• シフト変更

などの対策を検討できます。

勤怠管理システム導入で使える補助金

勤怠管理システムの導入には、国や自治体が実施する補助金制度を活用できる場合があります。

■デジタル化・AI導入補助金

出典：デジタル化・AI導入補助金とは？【2026年・令和8年度】補助率や申請枠・変更点についても解説

中小企業・小規模事業者がITツールを導入する際に活用できる代表的な補助金です。

対象となる勤怠管理システムであれば、導入費用の一部について補助を受けられる可能性があります。

■ものづくり補助金

システム導入による

• 業務効率化

• 生産性向上

を目的とする場合、勤怠管理システムが補助対象となるケースがあります。

• 設備

• ソフトウェア

を組み合わせた導入を検討している企業におすすめです。

■自治体補助金

都道府県や市区町村独自の

• DX推進補助金

• IT導入支援制度

を利用できる場合があります。

地域によって内容が異なるため、最新情報を確認しましょう。

みんなの補助金コンシェルジュでは、ものづくり補助金の専門家経費についてもサポートしています！

申請書作成や経費計上の範囲確認も可能です。

【無料】勤怠管理システム補助金相談はこちら！

勤怠管理システム導入時の注意点とは？補助金活用も失敗しないために

勤怠管理システムは、中小企業の労務管理を効率化するための強力なツールです。

しかし、導入時に注意点を押さえておかないと、

• 経費処理が複雑になる

• せっかくの補助金を受けられない

といったリスクが生じるでしょう。

ここでは、導入時に特に気を付けたいポイントを詳しく解説します。

申請期限や報告義務を守る

補助金を活用して勤怠管理システムを導入する場合、最も重要なのが、

• 申請期限

• 報告義務

を順守することです。

申請期限の厳守

デジタル化・AI導入補助金などの公的補助金には、申請受付期間が明確に定められています。

期限を過ぎると補助金が不交付となり、自己負担での導入となるため注意してください。

報告義務を確認する

補助金交付後も、

• 導入完了報告

• 使用状況報告

が必要な場合があります。

報告漏れがあると、補助金返還を求められるケースもあるため、事前に手順を確認しておきましょう。

ポイント

スケジュール管理を徹底し、申請〜導入～報告までの流れを事前に整理してください。

自己負担分の経費計上方法を確認

勤怠管理システムの導入費用には、

• 自己負担分

• 補助金対象となる費用

があります。導入前に経費の扱いを正確に確認しておくことが必須です。

補助金対象外の費用を正しく処理する

• 初期設定費用

• カスタマイズ費用

• 導入後の保守費用

などは補助金対象外になる場合があります。

これらは自己負担として会計処理し、帳簿上でも明確に分けておきましょう。

税務処理との整合性

出典：正しい経理”って何？｜押さえておきたい3つのポイント

補助金対象費用と自己負担費用の計上方法によって、税務上の処理が変わることもあります。

• 税理士

• 会計担当者

と確認しておくと安心です。

ポイント

補助金を利用する場合でも、経費管理を曖昧にするとトラブルの原因になるため、事前に明確な経費計画を立ててください。

複数補助金の併用可否を確認

中小企業向けには複数の補助金制度が存在しますが、併用が可能かどうかを事前に確認しましょう。

• 併用不可のケースがある

• デジタル化・AI導入補助金

• 地域の中小企業支援補助金

など、複数制度を同時に利用したい場合、併用不可となることがあります。

申請前に公募要領や補助金事務局に確認しましょう。

併用可能な場合の注意点

併用可能でも、費用の按分方法や報告方法が定められている場合があります。

ルールに沿って経費を分けて計上することが求められます。

ポイント

併用の可否や条件を事前に確認し、申請計画を明確にしておくことが、補助金の活用成功につながります。

専門家に相談してリスクを回避

補助金の申請や勤怠管理システムの導入は、慣れていない企業にとって手間が大きく、失敗リスクもあります。

専門家への相談がスムーズな導入に役立ちます。

• 経費計上や報告義務の不安を解消できる

• 申請書作成や条件確認を代行してもらえる

• 補助金交付率の向上やトラブル回避につながる

みんなの補助金コンシェルジュでは、勤怠管理システム導入に関する補助金申請や経費確認もサポートしています。

「申請書作成を依頼したい」「費用の対象範囲を確認したい」などのご相談は、こちらから可能です。

【無料】補助金相談はこちら！

勤怠管理システム×補助金FAQ

Q1. 中小企業でも補助金は申請できますか？

→はい。デジタル化・AI導入補助金や自治体支援補助金は、中小企業・小規模事業者が主な対象です。

Q2. 補助金は費用の全額に使えますか？

→原則として費用の一部（補助率50〜75％程度）が対象で、上限額も決まっています。

Q3. 申請書類は自分で作れますか？

→可能ですが、IT導入支援事業者や専門家に相談するとミスを防げます。

Q4. 複数補助金は併用できますか？

→原則不可。併用可否は事前に確認してください。

Q5. 無料で使える勤怠管理システムはありますか？

→あります。ただしスタッフ◯人までなどの人数や機能に制限があるケースがほとんどです。

少人数なら、

• 5人までのジョブカン

• 人数無制限のスマレジ

• 30人までのハーモス勤怠

などが無料で使えます。

給与連携などの制限に注意し、まずは自社の規模に合わせて選ぶのがおすすめです。

Q6. 10人以下の会社でも必要ですか？

→はい。従業員数が少なくても、労働時間の正確な管理や法令遵守のために勤怠管理システムは有効です。

手作業による集計ミスを防ぎ、管理業務の負担軽減にもつながります。

Q7. スマホだけで打刻できますか？

→はい。多くの勤怠管理システムはスマホ打刻に対応しており、外出先や直行直帰時でも簡単に出退勤を記録できます。

Q8. テレワークでも利用できますか？

→はい。クラウド型の勤怠管理システムなら、テレワーク中でも自宅から打刻や勤怠申請が可能です。

勤務状況の可視化にも役立ちます。

Q9. 給与ソフトと連携できますか？

→はい。多くの勤怠管理システムは給与計算ソフトと連携できるため、勤怠データを自動反映し、給与計算業務を効率化できます。

Q10. 導入期間はどれくらいですか？

→システムによって異なりますが、一般的には数日〜1か月程度で導入できます。従業員数や設定内容によって準備期間は変動します。

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